DUGiDocsComputational studies of the conformational landscape of allosteric and enantioselective enzymes
Text Complet
Compartir
Enzymes are sophisticated biomacromolecules whose function is linked to its
three-dimensional structure and conformational dynamics. Therefore, the understanding of enzyme conformational dynamics can be exploited to enhance
enzyme efficiencies. First, we study alcohol dehydrogenase (ADH) enzymes in
order to investigate the molecular basis of the reversion of
enantioselectivity and thermo-adaptation displayed by laboratory-evolved
enzyme variants towards non-natural substrates. In second place, we study the
allosteric complex tryptophan synthase (TrpS) in order to decipher the
allosteric effects exerted by the protein partner and by the introduction of
mutations in laboratory evolved stand-alone enzyme variants. The study
follows with the development of a strategy based on cross correlation tools
in order to design stand-alone enzyme variants. Finally, the most promising
computational designs are tested experimentally confirming their superior
stand-alone activity. The studies gathered in this thesis emphasize the
relevance of considering the enzyme conformational dynamics in computational
enzyme engineering processes
ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.