Criação da base de dados oralM associada à base OralOme

Abstract

Introdução: Apesar de ser um sistema bastante estudado do ponto de vista microbiológico, a cavidade oral apresenta uma complexidade de ambientes e microbioma associado muito grande. Esta complexidade só recentemente foi explorada com a revolução das técnicas e tecnologias genómicas que permitiram a identificação de muitos microrganismos que até há poucos anos se desconheciam por não serem cultiváveis. O Projeto de Microbioma Humano (HMP) apresenta-se como um exemplo da quantidade massiva de dados que é gerado por estas técnicas e que pode ser analisado sob variadíssimas perspetivas gerando o conhecimento não só das comunidades como também dos processos presentes na cavidade oral. Além do HMP têm proliferado na literatura identificações moleculares de microrganismos nos vários ambientes da cavidade oral quer em saúde quer em situações de patologia oral ou sistémica. Estes dados estão dispersos, portanto uma base de dados que reúna a informação publicada associada a uma ferramenta de pesquisa e análise afigura-se como extremamente útil para investigadores dedicados à cavidade oral. Objetivo: Criar uma base de dados com os microrganismos, identificados por estudos de genómica, presentes em amostras dos vários ambientes da cavidade oral. Associar essa base à base existente, o OralOme. Materiais e Métodos: Reunir a informação publicada de estudos com identificação de microrganismos por técnicas moleculares nos vários ambientes da cavidade oral numa base de dados. Esta foi desenhada de forma a interagir com a base de dados OralOme permitindo a pesquisa dos microrganismos associados aos vários ambientes da cavidade oral não só por nome, mas também pelas proteínas por ele produzidas. Resultados: Da análise de 111 artigos publicados até Janeiro de 2014 foram identificados na cavidade oral 1399 espécies correspondentes a 181 géneros. Estes valores são superiores aos atualmente existentes na base de dados OralCard que reporta proteínas bacterianas. Verifica-se ainda que a maioria das espécies características da cavidade oral (identificadas anteriormente por técnicas baseadas em cultivo) continua a ser encontrada na cavidade oral por técnicas moleculares de genómica. No entanto estas novas técnicas detetam ainda outras espécies bacterianas nunca cultivadas e distinguem muitas vezes estirpes e ou clones característicos da cavidade oral.Conclusão: Foi criada uma base de dados com a informação do microbioma da cavidade oral que será associada à base de dados OralOma que disponibiliza a informação sobre o proteoma da cavidade oral, criando assim uma ferramenta que contem a “evidência molecular total” dos microrganismos presentes na cavidade oral.

Introduction: Despite being a well-studied system from a microbiological point of view, the oral cavity presents a huge complexity of microenvironments and associated microbiota. This complexity has only recently been explored with the revolution in genomic technologies and techniques that allowed the identification of many, until recently, unkown microorganisms that could not be recognized in culture. The Human Microbiome Project (HMP) is presented as an example of the massive amount of data that can be generated by these techniques and that can be used on an extensive range of applications generating knowledge not only for the bacterial communities but also the processes in the oral cavity. Besides the HMP, molecular identification of microorganisms in various environments of the oral cavity either in health or in cases of oral or systemic pathology have increased in literature. These data are scattered and a database that gathers the published information with a research/analysis tool is extremely useful for researchers dedicated to the study of the oral cavity. Goals: To create a database with the microorganisms identified by genomic studies in samples from various environments of the oral cavity. To associate this database to the existing database OralOme. Materials and Methods: Bring together the information published in studies with identification of microorganisms by molecular techniques in various environments of the oral cavity in a database. The new database was designed to interact with the OralOme database allowing the exploration of microorganisms associated with the different environments of the oral cavity not only by name but also by the proteins produced by them. Results: The analysis of 111 articles published up to January 2014 showed 1399 species that represent 181 genera in the oral cavity. These values are above the current values y existing on the OralCard database that contains bacterial proteins. It also appears that the majority of typical species of the oral cavity (previously identified by cultivation techniques) is found in the oral cavity by molecular techniques. However, these new techniques detect other bacterial species cultured and often distinguish strains and clones are characteristic of the oral cavity.Conclusion: A database was created with the information of microbiome of the oral cavity, which is related to the OralOme database that provides information about the proteome of the oral cavity, creating a tool that contains the "total molecular evidence" of the oral cavity.