Het is de oudste boekenmuseum ter wereld. In het museum berust een verzameling boeken uit alle perioden van de westerse boekgeschiedenis, onder meer middeleeuwse handschriften. De ontwikkeling van het schrift, de lay-out en de versiering van handschriften is in vogelvlucht te volgen. Behalve de handschriften bezit het museum een omvangrijke collectie incunabelen, vroege drukken van vóór 1501.Buiten kostbare oude boeken verzamelt het museum boeken uit de periode van 1850 tot heden. De vorm en de vormgeving van boeken zijn daarbij het uitgangspunt. Tentoonstellingen tonen regelmatig delen van de totale collectie, en worden vaak voorzien van een wetenschappelijke toelichting in boekvorm. Het museum verzamelt actief moderne bibliofilie en het bezit de grootste ex-libriscollectie in Nederland. In het museum is ook een drukkerij waarin met losse loden letters gezet kan worden, een techniek die tot circa 1970 gemeengoed was.Ook de rariteitenverzameling van Meerman en Van Westreenen wordt in het museum bewaard, een kamer vol belangrijke Egyptische, Griekse en Romeinse oudheden waaronder munten en paneelschilderingen.