Construction of a subgenomic BAC library specific for chromosomes 1D, 4D and 6D of hexaploid wheat

0107470 - UEB-Q 20043044 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Janda, Jaroslav - Bartoš, Jan - Šafář, Jan - Kubaláková, Marie - Valárik, Miroslav - Čihalíková, Jarmila - Šimková, Hana - Caboche, M. - Sourdille, P. - Bernard, M. - Chalhoub, B. - Doležel, Jaroslav
Construction of a subgenomic BAC library specific for chromosomes 1D, 4D and 6D of hexaploid wheat.
[Konstrukce subgenomové BAC knihovny specifické pro chromozómy 1D, 4D a 6D hexaploidní pšenice.]
Theoretical and Applied Genetics. Roč. 109, - (2004), s. 1337-1345. ISSN 0040-5752. E-ISSN 1432-2242
Grant CEP: GA ČR GA522/03/0354; GA ČR GA521/04/0607; GA MZe QC1336
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z5038910
Klíčová slova: wheat * subgenomic BAC library * flow cytometry
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 2.981, rok: 2004

The analysis of the hexaploid wheat genome (Triticum aestium L., 2n = 6x = 42) is hampered by its large size (16,974 Mb / 1C) and presence of three homoeologous genomes (A, B and D). One of the possible strategies is a targeted approach based on subgenomic libraries of large DNA inserts. In this work, we purified by flow cytometry a total of 107 of three wheat D-genome chromosomes: 1D, 4D and 6D. The library (designated as TA-subD) consists of 87,168 clones with an average insert size of 85 kb. Among these clones, 53 % had inserts larger than 100 kb, only 29% of inserts being shorter than 75 kb. The coverage was estimated to be 3.4×, giving a 96.5% probability of identifying a clone corresponding to any sequence on the three chromosomes. Specificity for chromosomes 1D, 4D and 6D was confirmed after screening the library pools with single-locus microsatellite markers. The screening indicated that the library was not biased and gave an estimated coverage of 6-fold. This is the second report on BAC library construction from flow-sorted plant chromosomes, which confirms that dissecting of the complex wheat genome and preparation of subgenomic BAC libraries is possible.

Analýza genomu pšenice je komplikována jeho značnou velikostí (1C = 17 000 Mbp) a přítomností tří homeologních genomů (A, B a D) Jednou z možností jak analýzu genomu pšenice zjednodušit je konstrukce subgenomových DNA knihoven dlouhých inzertů. Pro konstrukci knihovny specificke pro chromozómy 1D, 4D a 6D bylo pomocí průtokové cytometrie purifikováno 10 milionů těchto chromozómů. Knihovna se skládá z 87 168 klonů s průměrnou velikostí inzertů 85 kbp a pokrývá chromozómy 1D, 4D a 6D 3,4x. Pravděpodobnost nalezení jakékoliv sekvence těchto tří chromozómů v dané knihovně je 96,5%. Tato knihovna je již druhou knihovnou v pořadí připravenou z tříděných rostlinných chromozómů a potvrzuje tedy skutečnost, že je možné zjednodušit analýzu komplexních genomů jejich rozdělením na části přípravou chromozomově popř. subgenomově specifických knihoven.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0014628