An approach towards experimental cDNA sequence determination of predicted genes: An example from Arabidopsis U3-55k homologues

0026949 - ÚMG 2006 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Urbánek, Pavel - Pačes, Jan - Pačes, Václav
An approach towards experimental cDNA sequence determination of predicted genes: An example from Arabidopsis U3-55k homologues.
[Přístup k experimentálnímu stanovování sekvence cDNA předpovězených genů:.]
Gene. Roč. 358, - (2005), s. 67-72. ISSN 0378-1119. E-ISSN 1879-0038
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA5052802; GA MŠMT(CZ) 1M0520
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50520514
Klíčová slova: Trichostatin A * 5-aza-2´-deoxycytidine * WD repeat
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 2.694, rok: 2005

A repressed gene of Arabidopsis thaliana that codes for a homologue of the U3-55K proteins from Arabidopsis, man, mouse, yeast and other eukaryotes was characterized. Treatment with inhibitors of histone deacetylases or DNA methyltransferases induced a low level of mRNA from the repressed Arabidopsis gene. Sequencing of RT-PCR products revealed the open reading frame that differs, in part, from the hypothetical one and encodes a seven-WD-repeat protein highly similar to U3-55K proteins from diverse eukaryotic species. The described approach may help to determine transcript sequences from predicted genes with a low level of expression.

Byl charakterizován reprimovaný gen Arabidopsis thaliana, který kóduje homolog proteinů U3-55K z Arabidopsis, člověka, myši, kvasinky a dalších eukaryot. Působení inhibitory deacetylas histonů nebo DNA methyltransferas indukovalo nízkou hladinu mRNA z reprimovaného genu Arabidopsis. Sekvenování produktů RT-PCR ukázalo otevřený čtecí rámec, který se částečně liší od hypotetického a kóduje protein obsahující sedm repeticí typu WD, velice podobný proteinům U3-55K z rozličných druhů eukaryot. Popsaný přístup může pomoci při stanovování sekvencí transkriptů z předpovězených genů s nízkou hladinou exprese.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0117098