Guanine quadruplex formation by RNA/DNA hybrid analogs of Oxytricha telomere G4T4G4 fragment

0311863 - BFÚ 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vondrušková, Jitka - Kypr, Jaroslav - Kejnovská, Iva - Fialová, Markéta - Vorlíčková, Michaela
Guanine quadruplex formation by RNA/DNA hybrid analogs of Oxytricha telomere G4T4G4 fragment.
[Tvorba guaninových tetraplexů u RNA/DNA analogů Oxytricha telomerního fragmentu G4T4G4.]
Biopolymers. Roč. 89, č. 10 (2008), s. 797-806. ISSN 0006-3525. E-ISSN 1097-0282
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA204/07/0057; GA AV ČR(CZ) IAA100040701
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: RNA/DNA hybrids * guanine quadruplex * circular dichroism spectroscopy
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 2.823, rok: 2008

Using circular dichroism spectroscopy, gel electrophoresis, and ultraviolet absorption spectroscopy, we have studied quadruplex folding of RNA/DNA analogs of the Oxytricha telomere fragment, G4T4G4, which forms the well-known basket-type, antiparallel quadruplex. We have substituted riboguanines (g) for deoxyriboguanines (G) in the positions G1, G9, G4, and G12; these positions form the terminal tetrads of the G4T4G4 quadruplex and adopt syn, syn, anti, and anti glycosidic geometries, respectively. We show that substitution of a single sugar was able to change the quadruplex topology.

Pomocí CD spektroskopie, gelové elektroforézy a UV absorpční spektroskopie jsme studovali uspořádání tetraplexu u RNA/DNA analogů Oxytricha telomerního fragmentu G4T4G4, který tvoří velmi dobře známý basketový antiparalelní tetraplex. Provedli jsme substituce riboguaninů (g) za deoxyriboguaniny (G) v pozicích G1, G9, T4 a G12; tyto pozice tvoří terminální tetrády tetraplexu G4T4G4 a zaujímají syn, syn, anti, a anti geometrii. Ukazujeme, že substituce jednoho cukru může vést ke změně tetraplexové topologie.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0163091