Efficient parallel construction of suffix trees for genomes larger than main memory
Visualitza/Obre
Efficient parallel construction of suffix trees for genomes larger than main mem... (1,537Mb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Cita com:
hdl:2117/22471
Tipus de documentText en actes de congrés
Data publicació2013
EditorACM
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Llevat que s'hi indiqui el contrari, els
continguts d'aquesta obra estan subjectes a la llicència de Creative Commons
:
Reconeixement-NoComercial-SenseObraDerivada 3.0 Espanya
Abstract
The construction of suffix tree for very long sequences is essential for many applications, and it plays a central role in the bioinformatic domain. With the advent of modern sequencing technologies, biological sequence databases have grown dramatically. Also the methodologies required to analyze these data have become everyday more complex, requiring fast queries to multiple genomes. In this paper we presented Parallel Continuous Flow PCF, a parallel suffix tree construction method that is suitable for very long strings. We tested our method on the construction of suffix tree of the entire human genome, about 3GB. We showed that PCF can scale gracefully as the size of the input string grows. Our method can work with an efficiency of 90% with 36 processors and 55% with 172 processors. We can index the Human genome in 7 minutes using 172 nodes.
CitacióComin, M.; Farreras, M. Efficient parallel construction of suffix trees for genomes larger than main memory. A: European MPI Users' Group Meeting. "Proceedings of the 20th European MPI Users' Group Meeting (EuroMPI 2013): Madrid, Spain: September 15-18, 2013". Madrid: ACM, 2013, p. 211-216.
ISBN978-846165133-7
Versió de l'editorhttp://dl.acm.org/citation.cfm?id=2488579
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
Efficient paral ... arger than main mem....pdf | Efficient parallel construction of suffix trees for genomes larger than main mem... | 1,537Mb | Accés restringit |