Mapeo fino de dos QTLs asociados a la maduración climatérica del fruto del melón
Visualitza/Obre
Estadístiques de LA Referencia / Recolecta
Inclou dades d'ús des de 2022
Cita com:
hdl:2117/339777
Correu electrònic de l'autorgjnathaliegmail.com
Realitzat a/ambCentre for Research in Agricultural Genomics
Tipus de documentTreball Final de Grau
Data2021-02-12
Condicions d'accésAccés obert
Llevat que s'hi indiqui el contrari, els
continguts d'aquesta obra estan subjectes a la llicència de Creative Commons
:
Reconeixement 3.0 Espanya
Abstract
The melon (Cucumis melo L.) is a plant of the cucurbit family of high economic and agricultural interest worldwide. Its wide phenotypic diversity has made the melon the subject of a large number of studies at the genetic, biochemical and molecular level, which suggests it as a possible model organism. The main objective of this work was to carry out the fine mapping of two Quantitative Trait Loci or QTL of the melon in order to understand the climacteric ripening mechanism of the fruits, from two non-climacteric lines, Piel de Sapo (PS) and Makuwa (Mak), introgressed into Védrantais (Ved), a climacteric melon. For this purpose, we worked with two Introgression Line (IL), one with the QTL ETHQV8.1 of PS in the Ved background and with the QTL MAK_10-1 of Mak in the Ved background. For ETHQV8.1 we worked with an F3 while for MAK_10-1 we worked with an F2. The fine mapping was carried out through several steps: the genotyping of the DNA of the F2 and F3 plants with molecular markers type SNP flanking the QLTs for the identification of plants that have undergone a recombination in the QTL interval; the phenotyping of all recombinants for characteristics such as aroma, abscission layer, colour change, pulp firmness, and harvest date; and the statistical analysis using a T-test to determine significant phenotypic differences between different genotypes. For the ETHQV8.1 project, 48 plants were germinated from each of the 9 families to be studied, and 8 from each of the parental lines of the population (PS8.2 and Ved), used as controls. For the MAK_10-1 project, 384 F2 seeds were germinated, coming from the MAK_10-1 x Ved and 116 plants were obtained, of which 80 were evaluated in the greenhouse. The QTL ETHQV8.1 was narrowed down until a more plausible candidate gene was found to be responsible for the QTL, the MELO3C024520.2.1 gene (ERF024). It was also possible to limit the region of the QTL MAK_10-1, but a single candidate gene for the QTL could not be detected, since the homozygous alleles had not yet been fixed and the QTL with which we worked was large. El meló (Cucumis melo L.) és una planta de la família de les cucurbitàcies d'alt interès econòmic i agrícola a nivell mundial. La seva àmplia diversitat fenotípica ha fet el meló objecte de gran quantitat d'estudis a nivell genètic, bioquímic i molecular, la qual cosa la suggereix com a possible organisme model. L'objectiu principal d'aquest treball va ser realitzar el mapeig fi de dues Quantitative Trait Loci o QTL del meló per tal d'entendre el mecanisme de maduració climatèrica dels fruits, a partir de dues línies no climatèriques, Pell de Gripau (PS) i Makuwa (Mak), introgresades en Védrantais (Ved), un meló climatèric. Per a aquest propòsit, es va treballar amb dos Introgression Line (IL), una amb el QTL ETHQV8.1 de PS en fons Ved i amb el QTL MAK_10-1 de Mak en fons Ved. Per ETHQV8.1 es va treballar amb una F3 mentre que per MAK_10-1 es va treballar amb una F2. El mapatge fi es va dur a terme a través de diversos passos: el genotipat de l'ADN de les plantes F2 i F3 amb marcadors moleculars tipus SNP flanquejants dels QLTs per a la identificació de plantes que hagin patit una recombinació en l'interval de l'QTL; el fenotipat de tots els recombinants per a caràcters com l'aroma, capa d'abscisió, canvi de color, fermesa de la polpa i la data de collita; i l¿anàlisi estadística mitjançant un T-test per determinar diferències fenotípiques significatives entre diferents genotips. Per al projecte ETHQV8.1 es van germinar 48 plantes de cadascuna de les 9 famílies a estudiar, i 8 de cadascuna de les línies parentals de la població (PS8.2 i Ved), utilitzades com a controls. Per al projecte MAK_10-1, es van germinar 384 llavors F2, provinents de l'encreuament MAK_10-1 x Ved i es van obtenir 116 plantes recombinats de les quals 80 es van avaluar en hivernacle. Es va aconseguir delimitar el QTL ETHQV8.1 fins a trobar un gen candidat més plausible per ser el responsable de l'QTL, el gen MELO3C024520.2.1 (ERF024). També es va aconseguir acotar la regió de l'QTL MAK_10-1, mes no es va poder detectar un únic gen candidat per al QTL, ja que encara no s'havien fixat els al·lels homozigots i el QTL amb el qual es va treballar era de grans dimensions. El melón (Cucumis melo L.) es una planta de la familia de las cucurbitáceas de alto interés económico y agrícola a nivel mundial. Su amplia diversidad fenotípica ha hecho del melón objeto de gran cantidad de estudios a nivel genético, bioquímico y molecular, lo cual la sugiere como posible organismo modelo. El objetivo principal de este trabajo fue realizar el mapeo fino de dos Quantitative Trait Loci o QTL del melón con el fin de entender el mecanismo de maduración climatérica de los frutos, a partir de dos líneas no climatéricas, Piel de Sapo (PS) y Makuwa (Mak), introgresadas en Védrantais (Ved), un melón climatérico. Para este propósito, se trabajó con dos Introgression Line (IL), una con el QTL ETHQV8.1 de PS en fondo Ved y con el QTL MAK_10-1 de Mak en fondo Ved. Para ETHQV8.1 se trabajó con una F3 mientras que para MAK_10-1 se trabajó con una F2. El mapeo fino se llevó a acabo a través de varios pasos: el genotipado del ADN de las plantas F2 y F3 con marcadores moleculares tipo SNP flanqueantes de los QLTs para la identificación de plantas que hayan sufrido una recombinación en el intervalo del QTL; el fenotipado de todos los recombinantes para caracteres como el aroma, capa de abscisión, cambio de color, firmeza de la pulpa y la fecha de cosecha; y el análisis estadístico mediante un T-test para determinar diferencias fenotípicas significativas entre diferentes genotipos. Para el proyecto ETHQV8.1 se germinaron 48 plantas de cada una de las 9 familias a estudiar, y 8 de cada una de las líneas parentales de la población (PS8.2 y Ved), utilizadas como controles. Para el proyecto MAK_10-1, se germinaron 384 semillas F2, provenientes del cruce MAK_10-1 x Ved y se obtuvieron 116 plantas recombinantes de las cuales 80 se evaluaron en invernadero. Para el proyecto ETHQV8.1 se germinaron 48 plantas de cada una de las 9 familias a estudiar y 8 de cada una de las líneas parentales de la población (PS8.2 y Ved), utilizadas como controles. Para el proyecto MAK_10-1, se germinaron 384 semillas F2, provenientes del cruce MAK_10-1 x Ved y se obtuvieron 116 plantas recombinantes de las cuales 80 se evaluaron en invernadero.
TitulacióGRAU EN ENGINYERIA DE SISTEMES BIOLÒGICS (Pla 2009)
Localització
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
memoria.pdf | 3,557Mb | Visualitza/Obre |