ΜΕΘΟΔΟΣ ΚΛΩΝΟΠΟΙΗΣΗΣ ΚΑΙ ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΟΥ ΤΗΣ ΑΛΚΟΟΛΙΚΗΣ ΑΓΥΔΡΟΓΟΝΑΣΗΣ ΣΤΑ ΔΙΠΤΕΡΑ. ΛΟΓΙΣΜΙΚΟ, ΓΙΑ ΤΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΦΥΣΙΚΗΣ...

Abstract

ΘΕΜΑ 1: Η ΚΛΩΝΟΠΟΙΗΣΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΟΥ ΤΗΣ ΑΛΚΟΟΛΙΚΗΣ ΑΦΥΔΡΟΓΟΝΑΣΗΣ ΣΕ ΕΝΤΟΜΟ ΟΙΚΟΓΕΝΕΙΑΣ ΑΛΛΗΣ ΤΩΝ ΔΡΟΣΟΦΙΛΙΔΩΝ (C.CAPITATA ΤΕΦΡΙΤΙΔΕΣ) ΑΠΟΚΑΛΥΨΕ ΕΝΑΝ ΑΣΥΝΗΘΙΣΤΑ ΤΑΧΥ ΡΥΘΜΟ ΕΞΕΛΙΞΗΣ ΑΥΤΟΥ. ΑΥΤΟ ΑΠΟΤΕΛΕΣΕ ΤΗ ΒΑΣΗ ΤΗΣ ΠΕΡΑΙΤΕΡΩ ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ ΠΟΥ ΕΠΙΧΕΙΡΕΙΤΑΙ ΣΤΗΝ ΠΑΡΟΥΣΑ ΔΙΑΤΡΙΒΗ. ΕΠΙ ΠΛΕΟΝ, Ο ΠΑΡΑΤΗΡΗΘΗΣ ΓΡΗΓΟΡΟΣ ΡΥΘΜΟΣ ΕΞΕΛΙΞΗΣ, ΔΗΜΙΟΥΡΓΗΣΕ ΤΗΝ ΑΝΑΓΚΗ ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ ΕΝΑΛΛΑΚΤΙΚΗΣ ΜΕΘΟΔΟΥΚΛΩΝΟΠΟΙΗΣΗΣ, ΚΑΘΩΣ ΤΟ ΓΟΝΙΔΙΟ ΑΥΤΟ ΑΠΟΤΕΛΕΙ ΕΝΑΝ ΕΠΙΚΡΑΤΗ ΜΑΡΤΥΡΑ, ΧΡΗΣΙΜΟ ΓΙΑ ΤΥΧΟΝ ΜΕΤΑΓΕΝΕΣΤΕΡΑ ΠΕΙΡΑΜΑΤΑ ΜΕΤΑΣΧΗΜΑΤΙΣΜΟΥ ΕΝΤΟΜΩΝ. ΣΤΗΝ ΔΙΑΤΡΙΒΗ ΤΑΥΤΗ ΠΑΡΟΥΣΙΑΖΕΤΑΙ ΜΙΑ ΤΕΤΟΙΑ (ΕΝΑΛΛΑΚΤΙΚΗ) ΜΕΘΟΔΟΣ, ΚΛΩΝΟΠΟΙΗΣΗ, ΒΑΣΙΖΟΜΕΝΗ ΣΤΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΗ ΥΠΟΚΑΤΑΣΤΑΣΗ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΙΩΝ ΣΕ ΜΕΤΑΛΛΑΓΜΕΝΟ ΣΤΕΛΕΧΟΣ ΖΥΜΗΣ (S.CEREVISIME). ΘΕΜΑ 2: ΤΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΦΥΣΙΚΗΣ ΧΑΡΤΟΓΡΑΦΗΣΗΣ ΤΟΥ ΓΕΝΩΜΑΤΟΣ ΤΗΣ D. MELANOGASTER ΑΠΟΣΚΟΠΕΙ ΣΤΗΝ ΕΥΡΕΣΗ ΚΑΙ ΠΙΣΤΟΠΟΙΗΣΗ ΑΛΛΗΛΕΠΙΚΑΛΥΨΕΩΝ ΜΕΤΑΞΥ ΚΛΩΝΩΝ ΓΕΝΩΜΙΚΗΣ ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΗΣ. Η ΑΝΑΛΥΣΗ/ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑ ΤΩΝ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΤΩΝ ΑΠΟΤΥΠΩΜΑΤΩΝ ΤΩΝ ΚΛΩΝΩΝ ΑΥΤΩΝ ΓΙΝΕΤΑΙ ΑΝΕΞΑΡΤΗΤΑ ΓΙΑ ΚΑΘΕ ΧΡΩΜΟΣΩΜΑΤΙΚΗ ΥΠΟΠΕΡΙΟΧΗ ΤΟΥ ΓΕΝΩΜΑΤΟΣ (ΜΕ ΒΑΣΗ ΤΗ ΜΟΡΦΟΛΟΓΙΑ ΤΩΝ ΠΟΛΥΤΑΙΝΙΚΩΝ ΧΡΩΜΟΣΩΜΑΤΩΝ). ΤΑ ΔΕΔΟΜΕΝΑ ΤΩΝ ΚΛΩΝΩΝ ΤΗΣ ΚΑΘΕ ΥΠΟΠΕΡΙΟΧΗΣ ΦΥΛΑΣΣΟΝΤΑΙ ΣΕ ΞΕΧΩΡΙΣΤΕΣ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ (Β.Δ.). Η ΕΡΓΑΣΙΑ ΠΟΥ ΠΕΡΙΓΡΑΦΕΤΑΙ ΣΤΗΝ ΠΑΡΟΥΣΑ ΔΙΑΤΡΙΒΗ ΑΦΟΡΑ ΣΤΟ ΣΧΕΔΙΑΣΜΟ ΝΕΑΣ ΒΔ, ΗΟΠΟΙΑ ΠΕΡΙΕΧΕΙ ΤΑ ΔΕΔΟΜΕΝΑ ΤΩΝ ΕΠΙ ΜΕΡΟΥΣ. ΑΥΤΟ ΚΡΙΘΗΚΕ ΑΠΑΡΑΙΤΗΤΟ ΓΙΑ ΤΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΧΑΡΤΟΓΡΑΦΗΣΗΣ, ΚΑΘΩΣ ΠΑΡΟΥΣΙΑΣΤΗΚΕ ΑΝΑΓΚΗ ΣΥΓΚΡΙΣΗΣ ΚΛΩΝΩΝ, ΟΙ ΟΠΟΙΟΙΠΕΡΙΕΧΟΝΤΑΙ ΣΕ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΕΣ ΒΔ. ΕΠΙΣΗΣ, ΣΤΗΝ ΠΑΡΟΥΣΑ ΔΙΑΤΡΙΒΗ, ΠΕΡΙΓΡΑΦΕΤΑΙ ΤΟ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟ ΠΟΥ ΔΗΜΙΟΥΡΓΕΙ/ΔΙΑΧΕΙΡΙΖΕΤΑΙ ΤΗΝ "ΕΝΟΠΟΙΗΜΕΝΗ" ΑΥΤΗ ΒΔ, ΚΑΘΩΣ ΚΑΙ ΕΤΕΡΟ ΒΟΗΘΗΤΙΚΟ (ΠΕΡΙΚΟΠΗ ΠΕΡΙΛΗΨΗΣ)

PART I: CLONING OF TWO ALCOHOL DEHYDROGENASE GENES FROM AN INSECT OF THE TEPHRITIDAE FAMILY (C. CAPATATA) REVEALED AN UNEXPECTEDLY FAST EVOLUTIONARY RATE BETWEEN THE TWO FAMILIES (DROSOPHILIDAE & TEPHRITIDAE). THIS WAS THE BASIS FORTHE WORK OF THIS THESIS. MOREOVER DUE TO THIS QUICK RATE, AN ALTERNATIVE CLONING TECHNIQUE HAS TO BE DEVELOPED, FOR THE CLONING OF THE GENE IN OTHER (MOST DISTANT) FAMILIES; SINCE ALCOHOL DEHYDROGENASE GENE IS A USEFUL DOMINANT MARKER IN PUTATIVE INSECT TRANSFORMATION EXPERIMENTS. IN CURRENT THESIS, ONE SUCH ALTERNATIVE CLONING TECHNIQUE IS PRESENTED BASED ON THE FUNCTIONAL COMPLEMENTATION OF A MUTANT YEAST STRAIN; AND A PRIMARY PHYLOGENETIC ANALYSIS OF THEGENE IN BETWEEN THE TWO FAMILIES IS PREFORMED. PART II: THE D. MELANOGASTER GENOME MAPPING PROJECT AIMS TO FIND OVERLAPS BETWEEN CLONES OF A GENOMIC LIBRARY. DATA ANALYSIS OF THE FINGERPRINTS OF THESE CLONES IS DONE INDEPENDENTLY FOR EVERY CHROMOSOMAL DIVISION (ACCORDING TO THE MORPHOLOGY OF POLYTENE CHOMOSOMES). THE DATA OF THE CLONES FROM EACH DIVISION ARE KEPT IN INDEPENDENT DATA BASES (DB). THE WORK DESCRIBED IN CURRENT THESIS CONSISTS OF THE DEVELOPMENT OF A NEW DB, WHICH CONTAINS THE DATA OF ALL DIVISIONAL ONES. THIS BECAME NECESSARY, WHEN APPEARED THE NEED OF COMPARISON OF CLONES FROM DIFFERENT DIVISIONAL DB. MOROVER, CURRENT THESIS CONTAINS THE SOFTWARE DEVELOPED FOR THIS "UNIFIED" DB, AS WELL AS ADDITIONAL SOFTWARE CAME TO COVER MISCELLANEOUS NEED OF THE MAPPING PROJECT.