Thermoplasma acidophilum sitrat sentaz enziminin thermostabilitesinden sorumlu mekanizmaların genetik mühendisliği tekniklerinden yararlanılarak belirlenmesi

Download

TXpNM01EQT0.pdf

Date

1998

Author

Erduran, İpek
Kocabıyık, Semra

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

85
views

53
downloads

Proteinlerde yüksek sıcaklığa dayanıklılığın moleküler mekanizmasının araştırıldığı bu projede bir termostabil model sistem olarak Thermoplasma (Tp.) acidophilum'dan elde edilen sitrat sentaz enzimi kullanılmıştır. Dimer interfazmdaki hidrofobik interaksiyonların etkisini incelemek üzere bölgeye özel mutasyon yöntemi kullanılarak tek amino asit değişikliği yapılarak 4 mutant enzim oluşturulmuştur: Ala97Ser, Ala104Thr, Gly209Ala ve Gly196Val. Bunlardan ilk üç mutasyon Tp. sitrat sentaz enziminin termostabilitesini arttırdığı gibi, aynı zamanda da katalitik özelliklerini (Km, Vmax, spesifik aktivite) iyileştirmiştir. Termostabilitesi en yüksek olan mutant enzim G209A olup, 85°C'de inaktivasyon yarı ömrü 57 dakikadır. Bu sonuçlar, interfaz hidrofobisitesini arttıran ya da azaltan amino asit değişikliklerinin Tp. sitrat sentaz enziminin termostabilitesinin arttırabileceğini göstermiştir. Böylece 70°C'nin üzerinde, proteinlerin sarılmamış formlarının entropisini etkileyen amino asit değişikliklerinin protein termostabilizasyonunda kritik bir faktör olmadığı görülmüştür. Diğer taraftan Tp. sitrat sentaz enziminin iç oyuklarının hacmini azaltmak üzere 2 mutasyon yapılmıştır: S343T ve T346Y. Ancak söz konusu mutasyonlar enzimin termal stabilitesini önemli ölçüde azaltırken, aktivitesini de büyük ölçüde düşürmüştür.

URI

https://app.trdizin.gov.tr/publication/project/detail/TXpNM01EQT0
https://hdl.handle.net/11511/50127

Collections

Department of Biology, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Thermoplasma volcanium' dan 20S proteasom kompleksin izolasyonu, biyokimyasal ve genetik analizi Seyit, Gönül; Kocabıyık, Semra; Özdemir, İnci(2002) Bu projede ilk defa termofilik bir archaeon olan Thermoplasma volcanium'un 20S proteasomu üç kolon kromatografi ile saflaştırılmıştır. Tp. volcanium proteasomunun önemli ölçüde 'N-peptidylglutamyl peptidehydrolase' ve kimotripsin benzeri aktivitelere sahip olduğu, kimostatin tarafından inhibe edildiği, en yüksek aktiviteyi 55$\circ$C'de ve 250 mM'lara kadar $Ca^{+2}$ ve $Mg^{+2}$ ilavesi ile elde edildiği saptanmıştır. Çeşitli Archaea proteasomlarının homolog amino asit motifleri dikkate alınarak hazırlanan...
Investigation of bioreactor operation conditions for serine alkaline protease production by Bacillus subtilis Özdemir, Elif; Çalık, Pınar; Department of Chemical Engineering (2003) In this study, complex medium was designed for increasing serine alkaline protease (SAP) production by recombinant Bacillus sp. In this context, the effects of glucose, sucrose, inorganic nitrogen source, casein, defatted soybean, and molasses and their concerted effects were investigated in agitation (N=200 min"1) and heating rate (T=37°C) controlled laboratory scale bioreactors. For this purpose, experiments were started by microorganism selection. It was found that, most suitable microorganism for comple...
Salmonella izolatların Vuruşlu Alan Jel Elektroforezi (PFGE) kullanılarak serotiplendirilmesi Soyer, Yeşim(2018-12-31) Bu projenin amacı, önceki çalışmalarımızda elde edilen Salmonella izolatlarının vuruşlu alan jel elektroforez (PFGE) kullanılarak serotiplendirilmesidir. Çalışmamızda, çevre ve gıda kaynaklarından toplamda 120 Salmonella izolatının karakterizasyonu yapılacak ve bu örnekler daha sonra kümelere ayrılıp analiz edilecektir. Projede kullanılacak izolatlar Türkiye’nin farklı illerinde atık su örneklerinden toplanmıştır. Ayrıca proje sonucunda elde edilecek sonuçlar laboratuvarımızın databankasında kayıtlı olan ön...
Lüminesan MCM-41 Mezogözenekli Silika Nanoparçacıklarına Selekoksib Yükleme Çalışmaları: İlaç Yükleme ve Bırakma Özellikleri Yılmaz, Ayşen; Çoruh, Nursen; Gökağaç Arslan, Gülsün; Persil Çetinkol, Özgül; Kayran İşçi, Ceyhan; Nalbant Esentürk, Emren(2018-12-31) Mezogözenekli silika nanoparçacıkları, kontrollü ilaç salınımı ve ilaçların silika parçacıklarına yüklenme kapasitelerini arttırmak amacıyla kullanılmaktadır. Model ilaç olarak suda çözünmeyen, steroid yapıda olmayan, ateş düşürücü özellikteki Selekoksib seçilmiştir.Bu çalışmada, silika parçacıkların ilaç yükleme kapasiteleri ve Selekoksib moleküllerinin salınım özellikleri üzerindeki etkisini incelemek için, MCM-41 sentezlenecektir. İstenen parçacık boyutunu elde etmek için asit ekstraksiyonu metodu kullan...
Ozmotik dehidrasyon uygulanmış patates dilimlerinin mikrodalga ile kızartılması işleminin optimizasyonu Öztop, Halil Mecit; Şahin, Serpil; Şümnü, Servet Gülüm (null; 2006-05-24) Patateslerin kızartma öncesinde, yağ emilimini azaltmak ve ozmotik dehidrasyon yönteminin mikrodalga ile etkileşiminin patatesin kalite parametreleri üzerindeki ( nem, yağ, renk, tekstür) etkisini görmek için ozmotik dehidrasyon yöntemi uygulanmıştır. Kızartma işlemi Yanıt Yüzey Metodu kullanılarak optimize edilmiştir. Mikrodalga güç seviyesi (400 W, 550 W, 700 W), kızartma süresi (1.5, 2.0, 2.5 dakika) ve ozmotik dehidrasyon süresi (15, 30, 45 dakika) çalışmada kullanılan bağımsız değişkenlerdir. Ozmotik d...

Citation Formats

İ. Erduran and S. Kocabıyık, “Thermoplasma acidophilum sitrat sentaz enziminin thermostabilitesinden sorumlu mekanizmaların genetik mühendisliği tekniklerinden yararlanılarak belirlenmesi,” 1998. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://app.trdizin.gov.tr/publication/project/detail/TXpNM01EQT0.