Orientadores: Clarice Weis Arns, Márcia Bianchi dos Santos

Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia

Resumo: A evolução e a dinâmica populacional dos Coronavírus (CoVs) ainda permanecem pouco exploradas. No presente estudo, análises filogenéticas e de filogeografia foram conduzidas para investigar a dinâmica evolutiva dos CoVs detectados em aves silvestres e sinantrópicas. Um total de 500...

Resumo: A evolução e a dinâmica populacional dos Coronavírus (CoVs) ainda permanecem pouco exploradas. No presente estudo, análises filogenéticas e de filogeografia foram conduzidas para investigar a dinâmica evolutiva dos CoVs detectados em aves silvestres e sinantrópicas. Um total de 500 amostras, que inclui os suabes traqueais e cloacais coletados de 312 aves silvestres pertencentes a 42 espécies, foram analisadas através da RT-qPCR. Sessenta e cinco amostras (13%) provenientes de 23 espécies foram positivas para o Coronavírus aviário (AvCoV). Trezentos e duas amostras foram investigadas para a pesquisa do Pan-Coronavírus (Pan-CoV) através do nPCR, destas, 17 (5,6%) foram positivas, sendo que 11 foram detectadas em espécies diferentes. Análises filogenéticas dos AvCoVs revelaram que as sequências de DNA das amostras coletadas no Brasil não agruparam com nenhuma das sequências do gene Spike (S1) dos AvCoVs depositados no banco de dados GenBank. Análise Bayesiana estimou uma variante do AvCoV proveniente da Suécia (1999) como o ancestral comum mais recente dos AvCoVs detectados neste estudo. Além disso, as análises realizadas através do "Bayesian Skyline Plot" (BSP) inferiram um aumento na dinâmica da população demográfica do AvCoV em diferentes espécies de aves silvestres e sinantrópicas. As análises filogenéticas do Pan-CoV mostrou que a maioria das amostras se agruparam com o Vírus da Hepatite Murina A59 (MHV A59), CoV pertencente ao grupo dos Beta-CoVs. Uma amostra [CoV detectado em Amazona vinacea(Papagaio-de-peito-roxo)] se agrupou com um CoV de Suínos, o PCoV HKU15, que pertence ao gênero Delta-CoV, ainda não relatado na América do Sul. Nossos achados sugerem que as aves podem ser novos potenciais hospedeiros responsáveis pela propagação e disseminação de diferentes CoVs para diferentes espécies de animais

Abstract: The evolution and population dynamics of Coronaviruses (CoVs) still remain underexplored. In the present study, phylogenetic and phylogeographic analyseswere conducted to investigate the evolutionary dynamics of CoV detected in wild and synanthropic birds. A total of 500 samples, including...

Abstract: The evolution and population dynamics of Coronaviruses (CoVs) still remain underexplored. In the present study, phylogenetic and phylogeographic analyseswere conducted to investigate the evolutionary dynamics of CoV detected in wild and synanthropic birds. A total of 500 samples, including tracheal and cloacal swabs collected from 312 wild birds belonging to 42species, were analysed by RT-qPCR. A total of 65 samples from 23bird species were positive for Avian Coronaviruses (AvCoVs).Three hundred and two samples were screened for the Pan-Coronavirus (Pan-CoV) through the nPCR, 17 (5.6%) were positive, being that 11 were detected in different species. AvCoVs phylogenetic analyses revealed that the DNA sequences from samples collected in Brazil did not cluster with any of the AvCoV S1 gene sequences deposited in the GenBank database. Bayesian framework analysis estimated an AvCoV strain from Sweden (1999) as the most recent common ancestor of the AvCoVs detected in this study. Furthermore, Bayesian Skyline Plot (BSP) analysis inferred an increase in the AvCoV dynamic demographic population in different wild and synanthropic bird species. Phylogenetic analysis of the Pan-CoV showed that most of the samples clustered with the Murine Hepatitis Virus A59 strain (MHV A59) belong to the BetaCoV group. Besides, one of our samples [CoV detected in Amazona vinacea (parrot-breasted-purple)] clustered with a CoV isolated from pigs, PCoV HKU15, belonging to the DeltaCoV genus, still not reported in South America. Our findings suggest that birds may be potential new hosts responsible for spreading of different CoVs for different species of animals