Orientador: Pedro Otavio de Campos Lima

Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia

Resumo: A transcrição é a etapa necessária para a expressão gênica que envolve a produção de uma fita de RNA usando o DNA como molde. Estima-se que 95% dos genes humanos sejam afetados por um processo de splicing alternativo. Este processo é uma das ferramentas de que a célula dispõe para a produção...

Resumo: A transcrição é a etapa necessária para a expressão gênica que envolve a produção de uma fita de RNA usando o DNA como molde. Estima-se que 95% dos genes humanos sejam afetados por um processo de splicing alternativo. Este processo é uma das ferramentas de que a célula dispõe para a produção de diferentes tipos de transcritos derivados de um mesmo gene. O linfócito T é um modelo bastante útil para o estudo do processamento transcricional, de que nos servimos para analisar um tipo emergente de splicing alternativo ainda pouco caracterizado: a retenção intrônica. Criamos um programa algorítimo para identificar os transcritos com retenção intrônica, usando dados de sequenciamento de RNA, obtidos de linfócitos T CD4+ em repouso e ativados. A retenção intrônica mostrou-se ser o tipo de splicing alternativo mais frequente dos eventos transcricionais, com pouca divergência em termos de classificação ontológica das isoformas diferencialmente expressas nos fenótipos de ativação celular estudados. Entretanto, provou-se que esse tipo de splicing não é um `ruído¿ transcricional generalizado. Ademais, constatou-se a existência de diversidade desses transcritos, com oscilação quanto à carga intrônica retida durante a ativação do linfócito. Identificamos, todavia, isoformas com retenção intrônica diretamente ligadas ao fenótipo de repouso e de ativação celular, nos quais a célula parece regular seletivamente os transcritos, de forma similar, mesmo em diferentes indivíduos

Abstract: Transcription is a necessary step for gene expression involving the production of RNA molecules from DNA templates. It is estimated that 95% of the human genes are affected by some sort of alternative splicing. Alternative splicing is a tool that the cell uses to produce different types of...

Abstract: Transcription is a necessary step for gene expression involving the production of RNA molecules from DNA templates. It is estimated that 95% of the human genes are affected by some sort of alternative splicing. Alternative splicing is a tool that the cell uses to produce different types of transcripts from the same gene. T lymphocytes are particularly suitable for studies on transcriptional processing, and we have used this model to analyze a new emergent type of alternative splicing: intron retention. We have created a program to identify intron retention transcripts using data from RNA sequencing obtained from resting and activated CD4+ cells. Intron retention was shown to be the most common type of alternative splicing, with small differences in ontological classification of the transcripts differentially expressed in the two activation phenotypes. We have shown that this kind of alternative splicing is not transcriptional `noise¿ in its entirety. In addition, there is transcriptional diversity as regards the level of intron retention in the two states of activation of the lymphocyte. However, we have identified specific isoforms with intron retention directly connected to the resting or activated cell phenotypes, suggesting the existence of selective regulation of these transcripts, whose pattern is conserved even in different individuals

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