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https://hdl.handle.net/20.500.14094/90005486
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90005486 (fulltext)
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メタデータ
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メタデータID
90005486
アクセス権
open access
出版タイプ
Accepted Manuscript
タイトル
Identification of DNA methylated regions by using methylated DNA immunoprecipitation sequencing in Brassica rapa
著者
Takahashi, Satoshi ; Fukushima, Naoki ; Osabe, Kenji ; Itabashi, Etsuko ; Shimizu, Motoki ; Miyaji , Naomi ; Takasaki-Yasuda, Takeshi ; Suzuki, Yutaka ; Seki, Motoaki ; Fujimoto, Ryo
著者名
Takahashi, Satoshi
著者名
Fukushima, Naoki
著者名
Osabe, Kenji
著者名
Itabashi, Etsuko
著者名
Shimizu, Motoki
著者名
Miyaji , Naomi
著者名
Takasaki-Yasuda, Takeshi
著者名
Suzuki, Yutaka
著者名
Seki, Motoaki
著者ID
A0337
研究者ID
1000060620375
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=2d794652078d165f520e17560c007669
著者名
Fujimoto, Ryo
藤本, 龍
フジモト, リョウ
所属機関名
農学研究科
収録物名
Crop and Pasture Science
巻(号)
69(1)
ページ
107-120
出版者
CSIRO
刊行日
2018-01-04
公開日
2018-12-28
抄録
DNA methylation is an epigenetic gene regulatory mechanism that plays an essential role in gene expression, transposon silencing, genome imprinting and plant development. We investigated the influence of DNA methylation on gene expression in Brassica rapa L., to understand whether epigenetic differences exist between inbred lines. Genome-wide DNA methylation was analysed by methylated DNA immunoprecipitation sequencing (MeDIP-seq) of 14-day-old first and second leaves from two inbred lines of Chinese cabbage, one susceptible and one resistant to fusarium yellows caused by Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans. MACS (model-based analysis for ChIP-seq) identified DNA methylation peaks in genic regions including 2 kb upstream, exon, intron and 2 kb downstream. More than 65% of genes showed similar patterns of DNA methylation in the genic regions in the two inbred lines. DNA methylation states of the two inbred lines were compared with their transcriptome. Genes having DNA methylation in the intron and in the 200 bp upstream and downstream regions were associated with a lower expression level in both lines. A small number of genes showed a negative correlation between differences in DNA methylation levels and differences in transcriptional levels in the two inbred lines, suggesting that DNA methylation in these genes results in transcriptional suppression.
キーワード
epigenetics
fusarium wilt
gene expression
methylome
transposable elements
カテゴリ
農学研究科
学術雑誌論文
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資源タイプ
journal article
言語
English (英語)
ISSN
1836-0947
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NCID
AA12377431
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DOI
https://doi.org/10.1071/CP17394
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