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https://hdl.handle.net/20.500.14094/90007806
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90007806 (fulltext)
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373 KB
6
メタデータ
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メタデータID
90007806
アクセス権
open access
出版タイプ
Accepted Manuscript
タイトル
Detection of candidate polymorphisms around the QTL for fat area ratio to rib eye area on BTA7 using whole-genome resequencing in Japanese Black cattle
著者
Sasazaki, Shinji ; Kawaguchi, Fuki ; Nakajima, Ayaka ; Yamamoto, Raito ; Akiyama, Takayuki ; Kohama, Namiko ; Yoshida, Emi ; Kobayashi, Eiji ; Honda, Takeshi ; Oyama, Kenji ; Mannen, Hideyuki
著者ID
A1055
研究者ID
1000050457115
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=2c817e1d7e37be6f520e17560c007669
著者名
Sasazaki, Shinji
笹崎, 晋史
ササザキ, シンジ
所属機関名
農学研究科
著者名
Kawaguchi, Fuki
著者名
Nakajima, Ayaka
著者名
Yamamoto, Raito
著者名
Akiyama, Takayuki
著者名
Kohama, Namiko
著者名
Yoshida, Emi
著者名
Kobayashi, Eiji
著者ID
A1051
研究者ID
1000010432551
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=1f19f7834f1bcb91520e17560c007669
著者名
Honda, Takeshi
本多, 健
ホンダ, タケシ
所属機関名
農学研究科
著者ID
A1039
研究者ID
1000070322203
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=c59c6d1dd6895cd9520e17560c007669
著者名
Oyama, Kenji
大山, 憲二
オオヤマ, ケンジ
所属機関名
農学研究科
著者ID
A1030
研究者ID
1000020263395
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=5ff7698ccf5c93d5520e17560c007669
著者名
Mannen, Hideyuki
万年, 英之
マンネン, ヒデユキ
所属機関名
農学研究科
収録物名
Animal Science Journal
巻(号)
91(1)
ページ
e13335-e13335
出版者
Wiley
刊行日
2020-01
公開日
2021-02-01
抄録
In our previous study, we performed genome-wide association study (GWAS) to identify the genomic region associated with Fat area ratio to rib eye area (FAR) and detected a candidate in BTA7 at 10-30 Mbp. The present study aims to comprehensively detect all polymorphisms in the candidate region using whole-genome resequencing data. Based on whole-genome resequencing of eight animals, we detected 127,090 polymorphisms within the region. Of these, 31,945 were located within the genes. We further narrowed the polymorphisms to 6,044 with more than five allele differences between the high and low FAR groups that were located within 179 genes. We subsequently investigated the functions of these genes and selected 170 polymorphisms in eight genes as possible candidate polymorphisms. We focused on SLC27A6 K81M as a putative candidate polymorphism. We genotyped the SNP in a Japanese Black population (n = 904) to investigate the effect on FAR. Analysis of variance revealed that SLC27A6 K81M had a lower p-value (p =.0009) than the most significant SNP in GWAS (p =.0049). Although only SLC27A6 K81M was verified in the present study, subsequent verification of the remaining candidate genes and polymorphisms could lead to the identification of genes and polymorphisms responsible for FAR.
キーワード
beef marbling
Japanese Black cattle
whole-genome resequencing
カテゴリ
農学研究科
学術雑誌論文
権利
© 2020 Japanese Society of Animal Science. This is the peer reviewed version of the following article: [Sasazaki, S, Kawaguchi, F, Nakajima, A, et al. Detection of candidate polymorphisms around the QTL for fat area ratio to rib eye area on BTA7 using whole‐genome resequencing in Japanese Black cattle. Anim Sci J. 2020; 91:e13335.], which has been published in final form at https://doi.org/10.1111/asj.13335. This article may be used for non-commercial purposes in accordance with Wiley Terms and Conditions for Use of Self-Archived Versions.
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資源タイプ
journal article
言語
English (英語)
ISSN
1344-3941
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eISSN
1740-0929
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NCID
AA11677214
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DOI
https://doi.org/10.1111/asj.13335
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