Kutatómunkánk során célunk volt egy olyan bottom-up proteomikai módszernek a kifejlesztése CE-MS készülékre, melyet hatékonyan tudunk alkalmazni tripszin által emésztett fehérjeminták vizsgálatára. A módszerfejlesztés során a következő szempontokat vettük figyelembe: minél több fehérjét találjunk meg egy-egy fehérjekeverékből, minél nagyobb szekvencialefedettséggel, illetve minél inkább kihasználjuk az MS adta beállítási lehetőségeket, azaz alkalmazzunk különböző kizárásokat, amivel a hatékonyságot növelhetjük. Ezek eléréséhez szükség volt a CE nyújtotta mintadúsítások tanulmányozására és megvalósítására.