Funkcionalna karatkerizacija novootkrivenih varijanti u genu DNAI1 kod pacijenta sa primarnom cilijarnom diskinezijom
Функционална караткеризација новооткривених варијанти у гену DNAI1 код пацијента са примарном цилијарном дискинезијом
Аутори
Stevanović, NinaSkakić, Anita
Spasovski, Vesna
Stojiljković, Maja
Parezanović, Marina
Ugrin, Milena
Pavlović, Sonja
Anđelković, Marina
Остала ауторства
Živić, MiroslavPetković, Branka
Конференцијски прилог (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Primarna cilijarna diskinezija (PCD) je retka motorna ciliopatija, koja
predominantno utiče na pluća i reproduktivne organe. PCD ima heterogenu
genetičku osnovu, te je neophodno analizirati više od 40 gena uzročnika kako bi
se postavila precizna dijagnoza, što je od suštinskog značaja za optimalno
lečenje i adekvatno genetičko savetovanje. Analizirano je 5 pacijenata suspektnih
na PCD upotrebom metode sekvenciranja nove generacije (NGS). Patogenost
genetičkih varijanti ispitana je in silico, qRT-PCR i Western blot metodama. Kod
jednog pacijenta suspektnog na PCD detektovane su dve novootkrivene varijante
p.N450Lfs*6 i p.D562N u genu DNAI1. Rezultati in silico predikcije pokazali su da
varijanta p.N450Lfs*6 utiče na strukturu 3D modela proteina, da ukida mesta za
vezivanje liganada i posttranslacione modifikacije, čime dolazi do narušavanja
protein-protein interakcija (PPI). Varijanta p.D562N nema uticaja na 3D
strukturu proteina, ali utiče na mesto vezivanja liganda i nalaz...i se u WD-40
domenu čime najverovatnije narušava PPI. Rezultati metode qRT-PCR pokazali
su snižen nivo ekspresije iRNK DNAI1 za oko 50% kod pacijenta u odnosu na
kontrolnu grupu, dok je Western blot analizom pokazano prisustvo dva proteinska
produkta (699 ak i 455 ak). Analizom dobijenih rezultata, zaključeno je da
promene p.N450Lfs*6 i p.D562N utiču na dužinu i količinu proteina DNAI1
čime dovode do gubitka proteinske funkcije i odgovorne su za nastanak primarne
cilijarne diskinezije kod analiziranog pacijenta.
Примарна цилијарна дискинезија (ПЦД) је ретка моторна цилиопатија, која
предоминантно утиче на плућа и репродуктивне органе. ПЦД има хетерогену
генетичку основу, те је неопходно анализирати више од 40 гена узрочника како би
се поставила прецизна дијагноза, што је од суштинског значаја за оптимално
лечење и адекватно генетичко саветовање. Анализирано је 5 пацијената суспектних
на ПЦД употребом методе секвенцирања нове генерације (НГС). Патогеност
генетичких варијанти испитана је in silico, qRT-PCR и Western blot методама. Код
једног пацијента суспектног на ПЦД детектоване су две новооткривене варијанте
p.N450Lfs*6 и p.D562N у гену DNAI1. Резултати in silico предикције показали су да
варијанта p.N450Lfs*6 утиче на структуру 3Д модела протеина, да укида места за
везивање лиганада и посттранслационе модификације, чиме долази до нарушавања
протеин-протеин интеракција (ППИ). Варијанта p.D562N нема утицаја на 3Д
структуру протеина, али утиче на место везивања лиганда и налази се у... WD-40
домену чиме највероватније нарушава ППИ. Резултати методе qRT-PCR показали
су снижен ниво експресије iRNK DNAI1 за око 50% код пацијента у односу на
контролну групу, док је Western blot анализом показано присуство два протеинска
продукта (699 ак и 455 ак). Анализом добијених резултата, закључено је да
промене p.N450Lfs*6 и p.D562N утичу на дужину и количину протеина DNAI1
чиме доводе до губитка протеинске функције и одговорне су за настанак примарне
цилијарне дискинезије код анализираног пацијента.
Извор:
Treći kongres biologa Srbije, 2022, 324-Издавач:
- Beograd : Srpsko biološko društvo
Финансирање / пројекти:
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200042 (Универзитет у Београду, Институт за молекуларну генетику и генетичко инжењерство) (RS-MESTD-inst-2020-200042)
Напомена:
- Knjiga sažetaka: Treći Kongres biologa Srbije, Zlatibor, Srbija 21 - 25. 9. 2022.
Институција/група
Institut za molekularnu genetiku i genetičko inženjerstvoTY - CONF AU - Stevanović, Nina AU - Skakić, Anita AU - Spasovski, Vesna AU - Stojiljković, Maja AU - Parezanović, Marina AU - Ugrin, Milena AU - Pavlović, Sonja AU - Anđelković, Marina PY - 2022 UR - https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/1738 AB - Primarna cilijarna diskinezija (PCD) je retka motorna ciliopatija, koja predominantno utiče na pluća i reproduktivne organe. PCD ima heterogenu genetičku osnovu, te je neophodno analizirati više od 40 gena uzročnika kako bi se postavila precizna dijagnoza, što je od suštinskog značaja za optimalno lečenje i adekvatno genetičko savetovanje. Analizirano je 5 pacijenata suspektnih na PCD upotrebom metode sekvenciranja nove generacije (NGS). Patogenost genetičkih varijanti ispitana je in silico, qRT-PCR i Western blot metodama. Kod jednog pacijenta suspektnog na PCD detektovane su dve novootkrivene varijante p.N450Lfs*6 i p.D562N u genu DNAI1. Rezultati in silico predikcije pokazali su da varijanta p.N450Lfs*6 utiče na strukturu 3D modela proteina, da ukida mesta za vezivanje liganada i posttranslacione modifikacije, čime dolazi do narušavanja protein-protein interakcija (PPI). Varijanta p.D562N nema uticaja na 3D strukturu proteina, ali utiče na mesto vezivanja liganda i nalazi se u WD-40 domenu čime najverovatnije narušava PPI. Rezultati metode qRT-PCR pokazali su snižen nivo ekspresije iRNK DNAI1 za oko 50% kod pacijenta u odnosu na kontrolnu grupu, dok je Western blot analizom pokazano prisustvo dva proteinska produkta (699 ak i 455 ak). Analizom dobijenih rezultata, zaključeno je da promene p.N450Lfs*6 i p.D562N utiču na dužinu i količinu proteina DNAI1 čime dovode do gubitka proteinske funkcije i odgovorne su za nastanak primarne cilijarne diskinezije kod analiziranog pacijenta. AB - Примарна цилијарна дискинезија (ПЦД) је ретка моторна цилиопатија, која предоминантно утиче на плућа и репродуктивне органе. ПЦД има хетерогену генетичку основу, те је неопходно анализирати више од 40 гена узрочника како би се поставила прецизна дијагноза, што је од суштинског значаја за оптимално лечење и адекватно генетичко саветовање. Анализирано је 5 пацијената суспектних на ПЦД употребом методе секвенцирања нове генерације (НГС). Патогеност генетичких варијанти испитана је in silico, qRT-PCR и Western blot методама. Код једног пацијента суспектног на ПЦД детектоване су две новооткривене варијанте p.N450Lfs*6 и p.D562N у гену DNAI1. Резултати in silico предикције показали су да варијанта p.N450Lfs*6 утиче на структуру 3Д модела протеина, да укида места за везивање лиганада и посттранслационе модификације, чиме долази до нарушавања протеин-протеин интеракција (ППИ). Варијанта p.D562N нема утицаја на 3Д структуру протеина, али утиче на место везивања лиганда и налази се у WD-40 домену чиме највероватније нарушава ППИ. Резултати методе qRT-PCR показали су снижен ниво експресије iRNK DNAI1 за око 50% код пацијента у односу на контролну групу, док је Western blot анализом показано присуство два протеинска продукта (699 ак и 455 ак). Анализом добијених резултата, закључено је да промене p.N450Lfs*6 и p.D562N утичу на дужину и количину протеина DNAI1 чиме доводе до губитка протеинске функције и одговорне су за настанак примарне цилијарне дискинезије код анализираног пацијента. PB - Beograd : Srpsko biološko društvo C3 - Treći kongres biologa Srbije T1 - Funkcionalna karatkerizacija novootkrivenih varijanti u genu DNAI1 kod pacijenta sa primarnom cilijarnom diskinezijom T1 - Функционална караткеризација новооткривених варијанти у гену DNAI1 код пацијента са примарном цилијарном дискинезијом SP - 324 UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1738 ER -
@conference{ author = "Stevanović, Nina and Skakić, Anita and Spasovski, Vesna and Stojiljković, Maja and Parezanović, Marina and Ugrin, Milena and Pavlović, Sonja and Anđelković, Marina", year = "2022", abstract = "Primarna cilijarna diskinezija (PCD) je retka motorna ciliopatija, koja predominantno utiče na pluća i reproduktivne organe. PCD ima heterogenu genetičku osnovu, te je neophodno analizirati više od 40 gena uzročnika kako bi se postavila precizna dijagnoza, što je od suštinskog značaja za optimalno lečenje i adekvatno genetičko savetovanje. Analizirano je 5 pacijenata suspektnih na PCD upotrebom metode sekvenciranja nove generacije (NGS). Patogenost genetičkih varijanti ispitana je in silico, qRT-PCR i Western blot metodama. Kod jednog pacijenta suspektnog na PCD detektovane su dve novootkrivene varijante p.N450Lfs*6 i p.D562N u genu DNAI1. Rezultati in silico predikcije pokazali su da varijanta p.N450Lfs*6 utiče na strukturu 3D modela proteina, da ukida mesta za vezivanje liganada i posttranslacione modifikacije, čime dolazi do narušavanja protein-protein interakcija (PPI). Varijanta p.D562N nema uticaja na 3D strukturu proteina, ali utiče na mesto vezivanja liganda i nalazi se u WD-40 domenu čime najverovatnije narušava PPI. Rezultati metode qRT-PCR pokazali su snižen nivo ekspresije iRNK DNAI1 za oko 50% kod pacijenta u odnosu na kontrolnu grupu, dok je Western blot analizom pokazano prisustvo dva proteinska produkta (699 ak i 455 ak). Analizom dobijenih rezultata, zaključeno je da promene p.N450Lfs*6 i p.D562N utiču na dužinu i količinu proteina DNAI1 čime dovode do gubitka proteinske funkcije i odgovorne su za nastanak primarne cilijarne diskinezije kod analiziranog pacijenta., Примарна цилијарна дискинезија (ПЦД) је ретка моторна цилиопатија, која предоминантно утиче на плућа и репродуктивне органе. ПЦД има хетерогену генетичку основу, те је неопходно анализирати више од 40 гена узрочника како би се поставила прецизна дијагноза, што је од суштинског значаја за оптимално лечење и адекватно генетичко саветовање. Анализирано је 5 пацијената суспектних на ПЦД употребом методе секвенцирања нове генерације (НГС). Патогеност генетичких варијанти испитана је in silico, qRT-PCR и Western blot методама. Код једног пацијента суспектног на ПЦД детектоване су две новооткривене варијанте p.N450Lfs*6 и p.D562N у гену DNAI1. Резултати in silico предикције показали су да варијанта p.N450Lfs*6 утиче на структуру 3Д модела протеина, да укида места за везивање лиганада и посттранслационе модификације, чиме долази до нарушавања протеин-протеин интеракција (ППИ). Варијанта p.D562N нема утицаја на 3Д структуру протеина, али утиче на место везивања лиганда и налази се у WD-40 домену чиме највероватније нарушава ППИ. Резултати методе qRT-PCR показали су снижен ниво експресије iRNK DNAI1 за око 50% код пацијента у односу на контролну групу, док је Western blot анализом показано присуство два протеинска продукта (699 ак и 455 ак). Анализом добијених резултата, закључено је да промене p.N450Lfs*6 и p.D562N утичу на дужину и количину протеина DNAI1 чиме доводе до губитка протеинске функције и одговорне су за настанак примарне цилијарне дискинезије код анализираног пацијента.", publisher = "Beograd : Srpsko biološko društvo", journal = "Treći kongres biologa Srbije", title = "Funkcionalna karatkerizacija novootkrivenih varijanti u genu DNAI1 kod pacijenta sa primarnom cilijarnom diskinezijom, Функционална караткеризација новооткривених варијанти у гену DNAI1 код пацијента са примарном цилијарном дискинезијом", pages = "324", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1738" }
Stevanović, N., Skakić, A., Spasovski, V., Stojiljković, M., Parezanović, M., Ugrin, M., Pavlović, S.,& Anđelković, M.. (2022). Funkcionalna karatkerizacija novootkrivenih varijanti u genu DNAI1 kod pacijenta sa primarnom cilijarnom diskinezijom. in Treći kongres biologa Srbije Beograd : Srpsko biološko društvo., 324. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1738
Stevanović N, Skakić A, Spasovski V, Stojiljković M, Parezanović M, Ugrin M, Pavlović S, Anđelković M. Funkcionalna karatkerizacija novootkrivenih varijanti u genu DNAI1 kod pacijenta sa primarnom cilijarnom diskinezijom. in Treći kongres biologa Srbije. 2022;:324. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1738 .
Stevanović, Nina, Skakić, Anita, Spasovski, Vesna, Stojiljković, Maja, Parezanović, Marina, Ugrin, Milena, Pavlović, Sonja, Anđelković, Marina, "Funkcionalna karatkerizacija novootkrivenih varijanti u genu DNAI1 kod pacijenta sa primarnom cilijarnom diskinezijom" in Treći kongres biologa Srbije (2022):324, https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1738 .